如果公司发现员工违反了竞业协议，可以采取以下措施来处理：
收集证据：首先，公司需要收集相关证据，证明员工确实违反了竞业协议。这可能包括员工与竞争对手的交流记录、参与竞争对手项目的证据等。
与员工沟通：在收集到足够证据后，公司可以与员工进行面对面的沟通，了解员工违反协议的原因和情况。同时，可以要求员工立即停止违反协议的行为，并表达公司对此事的关注和不满。
发送正式通知：如果与员工沟通无果，公司可以发送正式的通知，要求员工纠正其违反竞业协议的行为。通知中应明确指出员工违反协议的具体内容和后果，并要求员工在一定期限内作出回应。
采取法律手段：如果员工继续违反竞业协议或未在规定期限内作出回应，公司可以考虑采取法律手段来维护自己的权益。这可能包括向法院提起诉讼，要求员工承担违约责任并赔偿公司损失。
完善内部管理制度：在处理员工违反竞业协议的同时，公司也应反思并完善内部管理制度，以避免类似情况再次发生。可以加强对员工的培训和教育，提高员工对竞业协议的认识和重视程度。
需要注意的是，在处理员工违反竞业协议的过程中，公司应始终遵守相关法律法规，确保自己的行为合法合规。同时，公司也应注重保护员工的合法权益，避免采取过激或不合理的措施。
此外，为了预防员工违反竞业协议的情况发生，公司可以在与员工签订劳动合同时就明确竞业协议的内容和范围，以及在员工入职时加强对其竞业限制的培训和教育。同时，公司也可以建立有效的激励机制和约束机制，以提高员工的忠诚度和遵守竞业协议的自觉性。
