当研发总监违反竞业限制协议时，处理此问题需要遵循一系列步骤和法律程序。以下是一些建议：
详细审查协议内容：首先，需要详细审查研发总监与公司签订的竞业限制协议，了解协议中的具体条款和限制内容。这有助于确定研发总监是否确实违反了协议中的某些规定。
收集证据：接下来，需要收集研发总监违反竞业限制协议的证据。这可能包括研发总监在离职后的工作活动、泄露公司机密或利用公司资源进行不正当竞争等行为。确保收集的证据充分、确凿，以便在后续的法律程序中使用。
与研发总监沟通：在收集到足够的证据后，可以与研发总监进行沟通，了解其违反竞业限制协议的原因和动机。如果可能的话，双方可以尝试通过协商达成解决方案，以避免进一步的法律纠纷。
采取法律行动：如果与研发总监的沟通无法达成解决方案，或者其违反竞业限制协议的行为严重损害了公司的利益，那么可以考虑采取法律行动。这可能包括向法院提起诉讼，要求研发总监承担违约责任，并赔偿公司因此遭受的损失。
执行法院判决：如果法院最终判决研发总监违反了竞业限制协议，并需要承担相应的法律责任，那么需要确保判决得到执行。这可能包括要求研发总监支付违约金、停止违约行为等。
在整个处理过程中，建议公司咨询专业律师的意见，以确保遵守相关法律程序和规定。此外，为了预防类似问题再次发生，公司可以考虑在竞业限制协议中增加更严格的条款和约束条件，以及加强内部管理和监督。
